1991–2007 гг.
Постсоветский период и война
После распада СССР институт был реорганизован, а война 1992–1993 гг. нанесла серьёзный урон: утрачены суда, оборудование, финансирование. Несмотря на это, институт сохранил научный потенциал. Под руководством А.И. Марколия удалось восстановить связи с российскими научными центрами и продолжить исследования в сокращённом формате